En un artículo anterior os hablé un poco de R en Mac OS X. Si necesitas hacer gráficos de calidad con R, te recomiendo ggplot2. Desde mi punto de vista es mucho mejor que lattice, y que algunos otros. Yo estoy usando R para los análisis estadísticos y representaciones que aparecerán en mi Tesis doctoral. Con ggplot2 podrás hacer todo tipo de gráficos y representaciones de análisis estadísticos, no importa la cantidad y complejidad de los datos. Podrás programar y representar diferentes funciones, grupos de datos, comparar factores, y cualquier cosa que seas capaz de imaginar. Si quieres aprender a usar ggplot, te recomiendo el libro: "ggplot2: elegant graphics for data analysis".
A continuación, os dejo algunos ejemplos de sus posibilidades, sólo unos pocos, y como dicen por ahí...
"no intentes hacer esto con Excel". 
R gráficos ggplot2 lattice estadística análisis regresión ANOVA
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